Hij begeeft zich nu naar Straatsburg. Hier trouwt hij met Idelette van Buren, de weduwe van de wederdoper Jean Stordeur. In 1546 wordt er een zoon geboren, die echter al snel overlijdt. In Straatsburg leert hij Melanchton en Bucer kennen. Vooral Bucer oefent hier grote theologische invloed op Calvijn uit. Hij werkt in deze plaats ook aan een protestantse liturgie. In 1539 verschijnt een eerste psalmboek met 18 psalmen met daarbij de berijmde Geloofsbelijdenis, de Lofzang van Simeon en de Tien geboden. Vijf van deze psalmen zijn door Calvijn Calvijn zelf berijmd. De andere door Clément Marot, de Franse hofdichter. In 1540 komen formulieren voor de kerkdiensten en voor de bediening van Doop en Avondmaal van zijn hand. Het Avondmaal werd in Straatsburg om de veertien dagen gehouden. Het werd bediend terwijl de deelnemers om de Tafel zaten. Ook komt zijn eerste Bijbelcommentaar in deze periode van zijn leven van de pers. Het is een uitleg van de brief aan de Romeinen.
