In 1541 wordt Calvijn vanuit Straatsburg naar Genève teruggeroepen.Hij zal er nu tot zijn dood in 1564 blijven wonen. Een brief van Guillaume Farel geeft de doorslag om hem te laten terugkeren. Na lang aandringen stemt Calvijn toe. Hij schrijft bij deze gelegenheid aan Farel: Ik breng mijn hart de Heere ten offer. Deze uitspraak vinden wij terug in zijn persoonlijk zegel. Een hand omvat een hart met daarbij de lijfspreuk : "Het geslachte hart bied ik ten offer aan".
Calvijn krijgt nu alle medewerking van de raad van de stad. Een woning wordt hem ter beschikking gesteld in de Kanunnikenstaart, de tegenwoordige Rue de Calvin. Hij woont daar vlak bij de Saint Pière. Hem wordt een tractement toebedeeld van 500 florijnen. Alle kosten van de verhuizing vanuit Straatburg naar Genève nam de raad voor haar rekening.
Opmerkelijk is, dat Calvijn na zijn terugkeer de draad van de prediking gewoon weer opvat, waar deze was blijven liggen. Hij vervolgt de stof, waar hij bij zijn vertrek uit Genève gestopt was. Tijdens deze nieuwe periode van ambtelijk werk in de gemeente heeft Calvijn veel steun ondervonden van zijn collega Pierre Viret
Direct na zijn terugkomst begint hij aan het uitwerken van een nieuwe kerkorde. Hij oefent al zijn invloed uit om er de theocratie in te voeren. Gods Woord en Geboden dienen het leven van alle burgers te stempelen.
Velen, die de beginselen van de Reformatie waren toegedaan wenden zich vanuit heel Europa tot hem om advies.
Hij legt er de grondslag voor een theologische opleiding en doceert ook zelf. Vele latere bekende theologen hebben door de colleges , die hij gaf, zijn invloed ondergaan. In de John Knox Chappel, die zich direkt naast de Saint Piere Cathedrale (Sint Pieterskerk) bevindt, bevindt zich een gedenksteen met de veelzeggende spreuk: Hier doceerde Johannes Calvijn de Gereformeerde geloofsleer.
Naast zijn Institutie zijn vooral zijn Bijbelcommentaren bekend. Daarin zijn alle boeken van de Bijbel behandeld uitgezonderd het laatste Bijbelboek, dat van de Openbaring.
In zijn preken volgde hij bij de tekstkeuze de lectio continua. Dat wil zeggen dat zijn tekstkeuze bepaald werd door een doorlopende lezing van de Bijbel. Hij preekte dus bijvoorbeeld tijdens het Kerstfeest eenvoudig over de stof, die op dat moment de orde was.
Calvijn voerde hiernaast nog een uitgebreide correspondentie.
Veel brieven van hem zijn bewaard gebleven en vormen mede een bron van kennis over deze grote theoloog. Zo onderhield hij contacten door geheel Europa. Zijn theologische invloed oefende hij vooral uit in Frankrijk, Nederland en Engeland. In Zwitserland zelf blijft zijn invloed echter beperkt. Als reformator van Zwitserland moet eerder Ulrich Zwingli genoemd worden.
In Calvijns theologie staat centraal de belijdenis van de soevereine God. Het geloof aan de predestinatie droeg zijn hele levenshouding. Hij wist zich van God volledig afhankelijk. Hij hecht een groot belang aan Gods Wet en eist van daar uit heel de wereld voor Christus op. Daarbij ziet hij uit naar de komst van Gods Rijk. Bij dit alles staat bij Calvijn de eer van God steeds voorop en hij wil van daar uit zijn hele leven voor de Heere dienstbaar maken.
Door deze grote eerbied voor God is Calvijn bovenal een Schrifttheoloog.
Wat het Avondmaal betreft is er een blijvend verschil tussen de leer van Calvijn en Luther. Met de Zwinlianen kwam het door inspanningen van Calvijn en Bullinger tot een overeenstemming: De Consensus Tigurinus (1549).
Een zwarte bladzijde uit het leven van Calvijn is de confrontatie met Michael Servet. Michael Servet was een geleerde van niet gering belang. Hij is bekend als de ontdekker van de bloedsomloop. Als theoloog was hij echter een bestrijder van de leer van de Drieëenheid. Hij wil niet weten van drie Personen binnen de Godheid, maar spreekt van drie krachten. Hij polemiseerde tegen Calvijns Institutie in zijn boek, dat de titel droeg "Restitutio Christianismi", herstel van het Christendom. Het verscheen anoniem in 1553.
Op een gegeven moment waagt hij zich binnen de muren van de stad Genève. Zondag 13 augustus 1553 zit hij daar onder het gehoor van Calvijn in de Madeleine-Kerk. Daar wordt hij herkend en gevangen genomen. Naar de opvattingen van die tijd kon een ketter, die de Drieëenheid loochende niet anders dan met de dood bestraft worden. Hij werd tot de brandstapel veroordeeld. De trechtstelling vond plaats op de heuvel van Champbel buiten de stad.
